Thomas Fehrle wuchs in Hamburg auf und beendete 1989 sein Studium der Betriebswirtschaftslehre in Lüneburg. Anschließend war er Trainee in der kaufmännischen Verwaltung des Deutschen Schauspielhauses in Hamburg. Von 1990 bis 1991 war er als Vertriebsleiter beim Trägerverein Kampnagel e. V. Hamburg tätig. Von 1992 bis zum Frühjahr 1994 leitete er die allgemeine Verwaltung am Deutschen Schauspielhaus in Hamburg. 1994 ging er nach Stralsund/Greifswald, wo er als Intendant, Verwaltungsdirektor und Geschäftsführer des Vorpommerschen Theaters und Sinfonieorchesters arbeitete.

Seit 1998 war er Verwaltungsdirektor des Staatstheaters Braunschweig, ab 2004 zusätzlich stellvertretender Generalintendant des Staatstheaters.

Seit 1. August 2011 ist Thomas Fehrle Geschäftsführender Direktor der Deutschen Oper Berlin und Geschäftsführer der Deutschen Oper Berlin Vermarktungs - GmbH. Er ist Vorstandsmitglied der Stiftung Oper in Berlin und Mitglied des Vorstandes der im November 2016 gegründeten Stiftung für die Deutsche Oper Berlin.